La fondazione del borgo di Capannoli avvenne in epoca medievale sotto la giurisdizione dei Conti della Gherardesca, i quali eressero un castello attorno al quale iniziò a formarsi la comunità di Capannoli. Alla fine del secolo XI il castello della Gherardesca venne ceduto al Vescovado di Lucca per volere della Contessa Matilde di Canossa. In tale periodo il borgo si presentava già ampiamente fortificato.
Negli ultimi anni del XII secolo la dinastia dei Della Gherardesca tornò a dominare sul borgo di Capannoli con Ugolino III, il quale si attribuì il titolo di Conte di Capannoli. Dopo un lungo assedio posto in essere da parte dell'esercito di Guido da Montefeltro inviato a Capannoli della Repubblica di Pisa il borgo passò alla famiglia Gambacorta e sotto l'influenza di quest'ultima rimase fino a metà del XIV secolo.
Tra la fine del XIV e l'inizio del XV secolo Capannoli venne a lungo conteso tra le due potenti città di Pisa e Firenze. La contesa si risolse nel 1406 con la sconfitta della Repubblica di Pisa e la successiva annessione del borgo al contado fiorentino. Nel corso dei secoli successivi Capannoli non esitò in più occasioni a ribellarsi alla repubblica fiorentina, che si trovava allora dominata dal casato mediceo, sostenendone i nemici e organizzando ripetute sommosse che tuttavia fallirono sistematicamente.
Ormai stabilmente nell'orbita fiorentina Capannoli ne condivise la storia, trovandosi dapprima sotto il controllo dei Granduchi de' Medici e, all'inizio del Settecento, sotto quello dei Duchi di Lorena. Il periodo della dominazione lorenese venne interrotta dall'invasione delle truppe francesi guidate da Napoleone Bonaparte, che rimasero stanziate sul territorio di Capannoli fino al 1814, anno in cui il Trattato di Vienna assegnò la città al Granducato di Toscana.
Nel 1861 Capannoli venne annessa al Regno d'Italia ad opera del Re Vittorio Emanuele II di Savoia. Tra i monumenti di maggiore rilievo a Capannoli citiamo qui la Chiesa dell'Annunziata e la Villa Bourbon del Monte-Baciocchi. Tra le numerose manifestazioni che si svolgono a Capannoli segnaliamo la tradizionale "Fiera Paesana di Capannoli" che si tiene annualmente il 25 agosto presso la Piazza del Popolo.
